很多人會覺得，Eee PC 預設的 Xandros Linux 功能太陽春，擴展性也有限，所以會在 Eee PC 上使用 Ubuntu 這套比較完整的 Linux 系統，但是因為 Eee PC 的硬體比較特殊(麻煩?)，所以很多時安裝 Ubuntu 之後都會有 “連不到網路”、“顯示不正常”、“沒有聲音” 或者是 “待命失敗” 的問題。
經過很多 Eee PC 愛好者和開發者的努力，很多驅動程式都做好了，什至 Kernel 也有 Eee PC 的硬體支援。
現在 Ubuntu 8.10 推出了，也有人做好了 Eee PC 用的 kernel，在 Eee PC 上使用基本已經沒有問題。
Eee PC 用 Ubuntu kernel 可以在這裡找到，有 7.10, 8.04, 8.10 版本的:
http://www.array.org/ubuntu/
